Unutrašnja baza lobanje nije ravna nego stepenasta, podijeljena u tri jasno odvojene jame: prednju, srednju i zadnju jamu lobanje. Dno prednje jame je na najvišem nivou, srednje niže, a zadnje na najnižem: svaka naredna jama je dublja i nosi drugačiji dio mozga. Prednja jama nosi čeone režnjeve moždanih hemisfera, srednja jama sljepoočne režnjeve, a zadnja jama mali mozak, most i produženu moždinu.

Prednju jamu grade čeona, rešetasta i klinasta kost (malim krilima). Kroz brojne sitne otvore kribriformne (rešetaste) ploče rešetaste kosti prolaze olfaktorna vlakna (n. olfactorius, CN I) iz nosne sluznice ka olfaktornom bulbusu.

Srednja jama je leptirastog oblika, sa centralnim dijelom na tijelu klinaste kosti: sella turcica ("tursko sedlo"), sa udubljenjem za hipofizu (fossa hypophysialis) u sredini. Medijalno, blizu sela, nalazi se canalis opticus (n. opticus, CN II, i a. ophthalmica). Bočni dio jame, na velikom krilu klinaste kosti, nosi tzv. "polumjesec od četiri otvora":

• Fissura orbitalis superior: n. oculomotorius (CN III), n. trochlearis (CN IV), n. abducens (CN VI) i oftalmička grana trigeminalnog nerva (CN V1).
• Foramen rotundum: n. maxillaris (CN V2).
• Foramen ovale: n. mandibularis (CN V3).
• Foramen spinosum: a. meningea media.

Uz njih, na spoju klinaste, sljepoočne i zatiljne kosti, leži foramen lacerum: nije pravi otvor nego pukotina ispunjena hrskavicom za života; unutrašnja karotidna arterija prelazi preko nje, ne kroz nju.

Zadnja jama, najveća i najdublja, građena je klinastom, sljepoočnom i zatiljnom kosti. Njena najistaknutija odlika je foramen magnum, kroz koji produžena moždina prelazi u kičmenu moždinu, uz vertebralne arterije i spinalni korijen n. accessoriusa (CN XI). Naprijed je jama omeđena nagnutom koštanom površinom, clivusom, koji spaja dorsum sellae sa foramen magnumom i leži neposredno iznad nazofarinksa. Ostali otvori zadnje jame:

• Meatus acusticus internus: n. facialis (CN VII) i n. vestibulocochlearis (CN VIII).
• Foramen jugulare: n. glossopharyngeus (CN IX), n. vagus (CN X) i kranijalni korijen n. accessoriusa (CN XI), uz unutrašnju jugularnu venu.
• Canalis hypoglossus: n. hypoglossus (CN XII).

Zajedno, tri jame lobanje daju izlaz svih dvanaest kranijalnih nerava: I kroz rešetastu ploču, II kroz optički kanal, III/IV/V1/VI kroz gornju orbitalnu pukotinu, V2 kroz foramen rotundum, V3 kroz foramen ovale, VII/VIII kroz unutrašnji slušni hodnik, IX/X/XI kroz foramen jugulare, XII kroz hipoglosalni kanal.