Genetika imunog sistema zaslužuje sopstvenu oblast zbog jednog neobičnog svojstva - dio imunog sistema namjerno preuređuje sopstvenu DNK tokom razvoja, jedini poznat slučaj takve namjerne genomske promjene u ljudskom tijelu.

HLA/MHC sistem i nasljeđivanje pokriva najpolimorfniju grupu gena kod čovjeka - kako se HLA haplotip nasljeđuje kao blok, i zašto je HLA podudarnost ključna za transplantaciju i povezana sa specifičnim autoimunim bolestima. Somatska rekombinacija i raznolikost antitijela objašnjava taj neobičan mehanizam - kako imuni sistem generiše milione različitih antitijela iz ograničenog broja gena, preuređivanjem DNK segmenata unutar samih imunih ćelija.

Obje stranice zajedno objašnjavaju dvije različite strategije kojima imuni sistem postiže raznolikost - jedna kroz ekstremni polimorfizam na nivou populacije (HLA), druga kroz somatsko preuređivanje na nivou pojedinačne ćelije.