Analni kanal je dug otprilike 3 do 4 cm kod odraslih (tačan raspon varira po izvoru i definiciji, anatomska definicija ide od pelvične dijafragme do analnog otvora, klinička definicija je nešto uža); obično je kraći kod žena.

Linea pectinata (nazubljena linija) je ključna granica koja dijeli kanal na dva embriološki različita dijela. Gornji dio je porijeklom od endoderma zadnjeg crijeva (visceralan), donji od ektodermalnog proktodeuma (somatski). Ova razlika u porijeklu objašnjava zašto se dva dijela razlikuju u histologiji, inervaciji, vaskularizaciji i limfnoj drenaži:

• Iznad linije: cilindričan epitel sličan rektalnom, visceralna inervacija (osjetljiv samo na rastezanje, ne na bol), krv iz superiorne rektalne arterije, venska drenaža ka portalnom sistemu, limfa duboko ka unutrašnjim ilijačnim čvorovima.
• Ispod linije: nekeratinizovan slojevit pločast epitel bez žlijezda i dlaka, somatska inervacija preko donjih analnih (rektalnih) nerava, grana pudendalnog nerva (osjetljiv na bol, dodir, temperaturu), krv iz donjih rektalnih arterija, venska drenaža ka sistemskom krvotoku, limfa površno ka ingvinalnim čvorovima.

U srednjem dijelu kanala nalazi se 6 do 10 uzdužnih mukoznih nabora, analni stubovi (columnae anales, Morgagnijevi stubovi), čiji donji krajevi formiraju polumjesečaste analne valvule, između kojih leže analni sinusi; valvule i sinusi zajedno grade nazubljen izgled linea pectinata. Iznad ove linije, gdje se rektalna ampula sužava prolazeći kroz pelvičnu dijafragmu na nivou omče m. puborectalis, nalazi se anorektalni spoj. Napomena o terminologiji: TA2 zvanično navodi "linea anorectalis" kao prost sinonim za linea pectinata, ne kao odvojenu, više postavljenu strukturu.

Unutrašnji analni sfinkter je zadebljan, nevoljni nastavak unutrašnjeg cirkularnog mišićnog sloja crijeva, tonično kontrahovan u mirovanju, relaksira refleksno pri rektalnoj distenziji. Inervisan je autonomno: simpatička vlakna iz L1-L2 kontrahuju ga, parasimpatička iz S2-S4, preko donjeg hipogastričnog pleksusa, opuštaju. Spoljašnji analni sfinkter je veliki voljni mišić poprečno-prugaste građe koji obavija donje dvije trećine kanala, stapa se sa m. puborectalis; inervisan je preko n. analis (rectalis) inferior, grane n. pudendusa (S2-S4). Tradicionalno se opisuje kao tri dijela (subkutani, površinski, duboki), iako noviji radiološki nalazi taj koncept revidiraju u korist dva manje oštro razgraničena dijela.

U prosjeku postoji oko 12 analnih žlijezda ravnomjerno raspoređenih po obodu kanala; njihova funkcija nije potpuno razjašnjena, ali luče mucin i otvaraju se kroz kanaliće koji prolaze kroz unutrašnji sfinkter i izlaze na nivou analnih valvula, neposredno iznad linea pectinata.