Limfoidni organi čine mrežu razbacanu po cijelom tijelu, sa jednim zajedničkim zadatkom - proizvodnjom i djelovanjem limfocita - ali podijeljenu na dvije funkcionalno posve različite grupe.

Primarni limfoidni organi - koštana srž i timus - mjesta su gdje se limfociti rađaju i sazrijevaju, prolazeći kroz strogu selekciju prije nego što ikad sretnu antigen. Sekundarni limfoidni organi - limfni čvorovi, slezina, tonzile i srodna tkiva - mjesta su gdje zreli, naivni limfociti napokon sreću antigen i pokreću imunski odgovor.