Prije nego što limfocit uopšte može da prepozna stranog uljeza, mora prvo naučiti da prepozna sopstveno tijelo - i tu vještinu stiče samo na dva mjesta u organizmu.

Primarni (centralni) limfoidni organi su mjesta gdje limfociti nastaju i sazrijevaju, pri čemu prolaze kroz strogu selekciju koja im ne dozvoljava dalje sazrijevanje ako pogrešno reaguju na sopstvene antigene. Za razliku od sekundarnih limfoidnih organa, ovdje se limfocit još ne susreće sa antigenima iz spoljašnje sredine - to je uloga koja dolazi tek kasnije, u sekundarnim organima. TA2 (Caput XIII, Organa lymphoidea) formalno prepoznaje dva primarna limfoidna organa.

Koštana srž (medulla ossium rubra) je mjesto porijekla svih krvnih loza, uključujući i limfocite. Kod ljudi je posebno značajna kao mjesto gdje B-limfociti prolaze kroz cijeli proces sazrijevanja, od matične ćelije do naivnog, imunokompetentnog B-limfocita spremnog da napusti srž.

Timus je mjesto sazrijevanja T-limfocita: prekursori nastali u koštanoj srži putuju do timusa, gdje prolaze kroz pozitivnu i negativnu selekciju u korteksu i meduli žlijezde - proces koji uklanja ćelije nesposobne da prepoznaju sopstvene ćelije tijela (MHC molekule) ili, obrnuto, one koje na njih reaguju preagresivno.

Oba organa dijele istu suštinsku ulogu: generisanje limfocitnog repertoara, ne njegovo aktiviranje. Tek pošto napuste primarne organe, zreli, naivni limfociti cirkulišu ka sekundarnim limfoidnim organima, gdje po prvi put sreću antigen i pokreću stvarni imunski odgovor.