Zreo limfocit koji je napustio koštanu srž ili timus je naivan - obučen da prepozna sopstveno od tuđeg, ali još nije sreo nijedan pravi antigen. Taj susret se dešava tek u sekundarnim limfoidnim organima, raspoređenim po tijelu kao mreža kontrolnih punktova.

Sekundarni (periferni) limfoidni organi su mjesta gdje se odvija imunski odgovor: ovdje naivni limfociti susreću antigen koji su donijele dendritske ćelije ili sama tjelesna tečnost, prepoznaju ga preko svog receptora, i proliferišu u efektorske i memorijske ćelije. TA2 (Caput XIII, Organa lymphoidea) u ovu grupu svrstava nekoliko različitih tipova organa, organizovanih prema tome koju tjelesnu tečnost filtriraju ili kojoj sluznici čuvaju ulaz.

Limfni čvorovi filtriraju limfu dok putuje kroz aferentne limfne sudove - ovdje se dendritske ćelije koje su pokupile antigen iz perifernih tkiva susreću sa naivnim limfocitima u korteksu čvora.

Slezina ima analognu ulogu za krv: bijela pulpa, limfoidno tkivo raspoređeno oko centralnih arteriola, filtrira antigene direktno iz krvotoka, dok crvena pulpa odvojeno uklanja stare i oštećene eritrocite.

Tonzile (nepčana, ždrijelna, jezična, tubarna - zajedno Waldeyerov prsten) čuvaju ulaz u aerodigestivni trakt, prvu liniju susreta sa udahnutim i progutanim antigenima.

Poseban oblik sekundarnog limfoidnog tkiva, ne obuhvaćen posebnim TA2 entitetom unutar ovog poglavlja nego klasifikovan u okviru probavnog sistema, jesu Pajerove ploče (noduli lymphoidei aggregati ilei) u distalnom ileumu i analogno tkivo u apendiksu - agregati limfoidnih folikula prekriveni epitelom sa specijalizovanim M-ćelijama koje uzorkuju antigene direktno iz crijevnog lumena.

Zajedno, ovi organi čine mjesto gdje se rađa adaptivni imunski odgovor - za razliku od primarnih limfoidnih organa, gdje se limfociti tek proizvode i selektuju.