Tanko crijevo, opšta građa. Sluznica tankog crijeva je uvećana na tri nivoa, kako bi se maksimalno povećala apsorpciona površina. Kružni nabori (plicae circulares, Kerkringovi nabori) su trajni nabori sluznice i submukoze, vidljivi golim okom. Na njima se nalaze resice (villi), prstoliki izraštaji sluznice sa jezgrom od rastresitog vezivnog tkiva (lamina propria), mrežom kapilara i, u samoj sredini, jednim centralnim limfnim sudom (laktealni sud), koji preuzima najveći dio apsorbovane masti. Same enterocite, apsorptivne ćelije koje prekrivaju resice, nose na svojoj apikalnoj površini mikrovile, koji pod svjetlosnim mikroskopom izgledaju kao jednolika, četkasta ivica.

Ćelije crijevnog epitela. Pored enterocita, epitel sadrži čašaste ćelije (lučenje zaštitne sluzi), enteroendokrine ćelije (lučenje hormona probavnog sistema) i Panetove ćelije, koje leže isključivo na dnu crijevnih žlijezda (Liberkinovih kripti) i prepoznaju se po krupnim, eozinofilnim granulama u citoplazmi, sadrže antimikrobne supstance (uklj. lizozim) koje pomažu u kontroli crijevne mikroflore. Na samom dnu kripti se nalaze matične ćelije, iz kojih nastaju sve ostale, nabrojane ćelije crijevnog epitela, koji se obnavlja svakih nekoliko dana.

Regionalne razlike tankog crijeva. Duodenum je prepoznatljiv po Brunerovim žlijezdama, smještenim u submukozi, koje luče alkalnu, bikarbonatima bogatu sluz, neutrališu kiseli sadržaj koji stiže iz želuca. Kružni nabori i resice su najbrojniji i najviši u zoni oko prelaza duodenuma u jejunum, u skladu sa glavnom ulogom tog dijela crijeva u apsorpciji hranljivih materija, i postepeno postaju rjeđi i niži dalje niz ileum. Ileum je prepoznatljiv po Pejerovim pločama, velikim nakupinama limfnog tkiva u lamina propriji i submukozi, dio imunog nadzora nad crijevnim sadržajem. Epitel koji prekriva Pejerove ploče sadrži i M ćelije, specijalizovane ćelije bez mikrovila koje uzorkuju antigene iz crijevnog lumena i predaju ih imunim ćelijama ispod, prvi korak u imunom odgovoru na ono što je progutano.

Debelo crijevo. Za razliku od tankog crijeva, sluznica debelog crijeva je ravna, bez resica, jer apsorpcija hranljivih materija ovdje više nije glavna funkcija. Crijevne žlijezde (kripte) su duže, sa mnogo čašastih ćelija (debelo crijevo formira i podmazuje čvrstu stolicu). Panetove ćelije su u zdravom debelom crijevu praktično odsutne, sa izuzetkom slepog crijeva i uzlaznog kolona gdje se rijetko mogu naći, njihova pojava dalje niz debelo crijevo je znak hronične upale sluznice. Spoljašnji, uzdužni sloj glatkog mišića nije potpun kao u ostatku probavne cijevi, nego je skupljen u tri uzdužne trake, tenije debelog crijeva (teniae coli).