Prefiksi mijenjaju osnovno značenje korijena dodavanjem informacije o mjestu, smjeru ili odnosu. Većina prefiksa u medicinskoj terminologiji je latinskog porijekla (i poklapaju se sa latinskim prijedlozima), ali su neki uobičajeni prefiksi grčki, jer se koriste uz grčke korijene (vidi prethodnu stranicu).

Latinski prefiksi: lokacija

• sub- (ispod): subcutaneus (potkožni)
• supra- (iznad): suprarenalis (nadbubrežni)
• infra- (ispod, niže od): infraspinatus (ispod grebena lopatice)
• inter- (između): intercostalis (međurebarni)
• intra- (unutar): intramuscularis (unutarmišićni)
• extra- (izvan, spolja): extracellularis (vanćelijski)
• retro- (iza, pozadi): retroperitonealis (iza trbušne maramice, npr. bubrezi i pankreas)
• para- (pored, uz): paranasalis (pored nosa), paravertebralis (uz kičmeni stub)

Latinski prefiksi: smjer i odnos

• trans- (kroz, preko): transversus (poprečni)
• ante- (ispred, prije): antebrachium (podlaktica, doslovno "pred nadlakticom")
• post- (iza, poslije): postnatalis (poslije rođenja). Napomena: posterior (zadnji) nije prost spoj prefiksa i korijena, nego komparativni oblik izveden dodavanjem nastavka -ior na osnovu poster- (koja sama sadrži stariji, arhaičan komparativni formant -ter-), isti obrazac kao anterior i superior/inferior (vidi stranicu Poređenje pridjeva)
• circum- (oko): circumflexus (koji obavija, npr. arteria circumflexa)
• ad- (ka, prema): adductor (privodni mišić)
• ab- (od, dalje od): abductor (odvodni mišić)
• ex-/e- (iz, van, porijeklo) - odvojen prefiks od extra- (izvan, spolja), ne isto: excisio (isjecanje), evacuatio (pražnjenje)

Napomena: asimilacija prefiksa

Neki latinski prefiksi mijenjaju svoj završni suglasnik pred određenim suglasnicima na početku korijena, radi lakšeg izgovora - ovo je razlog zašto isti prefiks u terminu ponekad "ne izgleda" kao ono što ste upravo naučili:

• ad- → ac-/af-/ag-/al-/an-/ap-/ar-/as-/at-, npr. afferens (ad- + ferre, dovodni)
• in- → il-/im-/ir-, npr. immunitet (in- + munus)

Grčki prefiksi (uz grčke korijene)

• peri- (oko): pericardium (ovojnica srca)
• epi- (na, iznad): epigastrium (predio iznad želuca)
• endo- (unutra): endokard (unutrašnja opna srca)
• ecto- (na spoljašnjem sloju/položaju): ektopična (trudnoća van uobičajenog mjesta)
• exo- (spoljašnjeg porijekla/pravca, nije potpun sinonim za ecto-): egzokrina (žlijezda koja luči napolje, kroz kanal)
• hyper- (iznad, previše): hipertenzija (povišen pritisak), hiperplazija
• hypo- (ispod, premalo): hipotireoza (snižena funkcija štitne žlijezde), hipoksija

Česta greška

Ad- (ka) i ab- (od) izgledaju i zvuče slično, ali imaju suprotno značenje, upravo kao par adductor/abductor (mišić koji privodi ud tijelu, nasuprot mišiću koji ga odvodi). Ne treba ih pamtiti odvojeno, nego zajedno kao suprotan par, isto kao superior/inferior ili dexter/sinister.