DNK
DNK (dezoksiribonukleinska kiselina) je molekula koja nosi naslednu informaciju kod skoro svih živih organizama. Građena je od ponavljajućih jedinica koje se zovu nukleotidi.
Nukleotid je osnovna građevna jedinica DNK. Sastoji se od tri dijela: azotne baze, šećera dezoksiriboze (šećer sa pet ugljenikovih atoma) i fosfatne grupe. Ugljenici šećera se numerišu od 1' do 5' ("jedan prim" i tako dalje), a nukleotid dobija ime po azotnoj bazi koju nosi. Kombinacija samo baze i šećera, bez fosfatne grupe, zove se nukleozid - fosfatna grupa je ono što nukleozid pretvara u nukleotid.
Četiri azotne baze dijele se u dvije grupe prema hemijskoj strukturi:
- Purini - adenin (A) i gvanin (G), imaju dvostruku prstenastu strukturu (šesteročlani prsten stopljen sa peteročlanim)
- Pirimidini - citozin (C) i timin (T), manji, samo jedan šesteročlani prsten
Sparivanje baza se uvijek dešava između purina i pirimidina: adenin se pari sa timinom (A-T), a gvanin sa citozinom (G-C). Ovo su takozvana Čargafova pravila, nazvana po austrijskom biohemičaru Ervinu Čargafu, koji je ispitujući DNK različitih vrsta 1950. utvrdio da je količina adenina uvijek jednaka količini timina, a količina gvanina količini citozina, iako se ukupan sastav DNK razlikuje od vrste do vrste. U vrijeme kad je Čargaf ovo objavio, još se nije znalo zašto ta pravilnost važi - objašnjenje je došlo tek sa otkrićem strukture dvostruke uzvojnice.
Parovi baza se drže zajedno vodoničnim vezama: A-T par ima dvije vodonične veze, G-C par tri. Zbog te dodatne veze, DNK bogata G-C parovima se teže razdvaja (razmotava) toplotom od DNK bogate A-T parovima - opšte pravilo iz molekularne biologije, ne iz izvora citiranih niže za ostatak članka.
Šećerno-fosfatni lanac. Fosfatna grupa jednog nukleotida se vezuje za 3' ugljenik šećera susjednog nukleotida (5'-3' fosfodiestarska veza), gradeći dugačak lanac naizmjeničnih šećera i fosfata - to je "kičma" molekule, dok azotne baze strše ka unutra. Dva takva lanca su antiparalelna: jedan ide u smjeru 5'→3', drugi u suprotnom smjeru 3'→5', tako da je 3' kraj jedne niti okrenut ka 5' kraju druge.
Dvostruka uzvojnica. Dvije antiparalelne niti se uvijaju jedna oko druge u desnokretnu spiralu (double helix), koju su prvi opisali Džejms Votson i Fransis Krik 1953. godine. Struktura ima jednolik prečnik od 2 nanometra kroz cijelu dužinu - to je moguće jedino zato što se uvijek pari purin sa pirimidinom (veći sa manjim), nikad purin sa purinom (bilo bi preveliko) ili pirimidin sa pirimidinom (bilo bi premalo). Svaki par baza je udaljen 0,34 nm od sljedećeg, a jedan pun okret uzvojnice iznosi 3,4 nm, što znači deset parova baza po okretu. Uvrtanje dvije niti stvara veliki i mali žlijeb (major/minor groove) - ta dva žlijeba su mjesta gdje se proteini koji čitaju ili kopiraju DNK (npr. tokom transkripcije ili replikacije) vezuju za molekulu.
DNK naspram RNK. Šećer u DNK je dezoksiriboza, dok je u RNK riboza (razlika je u jednom kiseoniku na 2' ugljeniku). RNK takođe umjesto timina koristi drugu pirimidinsku bazu, uracil.
Česta zabuna
Pravilo sparivanja baza ima dva nivoa koja se lako pomiješaju. Prvi, geometrijski nivo: mora se spariti purin sa pirimidinom, jer bi dva purina bila prevelika a dva pirimidina premala da popune isti, jednoliki prostor unutar uzvojnice. Drugi, hemijski nivo: od dvije kombinacije koje bi geometrijski stale (adenin sa timinom ili citozinom, gvanin sa timinom ili citozinom), u prirodi se dešava samo adenin-timin i gvanin-citozin, zbog tačnog rasporeda atoma koji grade vodonične veze, ne zbog same veličine. Student koji zna samo prvo pravilo (purin uz pirimidin) može pogrešno zaključiti da su npr. adenin-citozin ili gvanin-timin podjednako mogući parovi - nisu.
Klinička korelacija
Promjena samo jednog para baza u genu može promijeniti čitav protein i uzrokovati bolest. Klasičan primjer je anemija srpastih ćelija: zamjena jedne baze u genu za beta-globin (HBB) mijenja aminokiselinu na šestom mjestu proteina sa glutaminske kiseline u valin. Ta naizgled sitna promjena mijenja oblik hemoglobina pod niskim nivoom kiseonika, što deformiše crvena krvna zrnca u karakterističan srpasti oblik.
Istorijska napomena
Put do otkrića strukture DNK je trajao skoro čitav vijek. Švajcarski ljekar Fridrih Mišer je 1860-ih prvi izolovao fosfatom bogatu supstancu iz jedara bijelih krvnih zrnaca i nazvao je "nuklein" - danas znamo da je to bila mješavina DNK i RNK, ali tada niko nije slutio da je riječ o nosiocu naslednih osobina. Frederik Grifit je 1928. pokazao da bakterije mogu "transformisati" jedna drugu prenosom nepoznate supstance, a Osvald Everi, Kolin Meklaud i Meklin Makarti su 1944. eksperimentima eliminacije pokazali da je ta supstanca upravo DNK. Konačnu potvrdu, korišćenjem radioaktivno obilježenih bakteriofaga, dali su Marta Čejs i Alfred Herši 1952.
Sama struktura je razriješena 1953, saradnjom dva para istraživača: Rozalind Franklin i Moris Vilkins su na King's College London (u istoj biofizičkoj jedinici, ne u odnosu nadređeni-podređeni) rendgenskom difrakcijom snimali i mjerili prave eksperimentalne podatke o DNK, dok su Džejms Votson i Fransis Krik u Kembridžu, oslanjajući se na te podatke, sastavili teorijski model dvostruke uzvojnice. Sama Franklin je, nezavisno od Votsona i Krika, iz svojih rendgenskih snimaka i Patersonove funkcije (matematičke metode za analizu difrakcionih slika) već zaključila da se šećerno-fosfatna kičma nalazi spolja, a baze unutra, i razlikovala je dva oblika DNK (A i B) prema vlažnosti uzorka - to su ključni strukturni podaci na kojima je model i izgrađen. Rad je objavljen 25. aprila 1953. u časopisu Nature, u istom broju u kojem su, na susjednim stranicama, objavljeni i radovi Vilkinsa i Franklin sa njihovim vlastitim podacima. Votson, Krik i Vilkins su 1962. dobili Nobelovu nagradu za fiziologiju/medicinu; Franklin je preminula 1958. od raka jajnika, u 37. godini, a Nobelova nagrada se ne dodjeljuje posthumno.
Dugo se prepričavalo da je Votson vidio Franklininu ključnu rendgensku sliku (poznatu kao "Fotografija 51") bez njenog znanja preko Vilkinsa, i da ona sama nikad nije shvatila puni značaj sopstvenih podataka. Novije istraživanje (Kob i Komfort, 2023), zasnovano na ranije nepoznatim dokumentima iz Franklininog arhiva, ovaj narativ dijelom osporava: autori Franklin opisuju kao dio kvarteta istraživača koji su, kroz saradnju dva para umjesto rivalstva, zajedno došli do strukture, i navode da Krik (za razliku od Votsona) nikad nije lično vidio Fotografiju 51 prije objave rada. Ovo pitanje ostaje predmet istorijske rasprave.
Izvori
- OpenStax Biology, 1. izdanje (2016), pog. 14.1 (Historical Basis of Modern Understanding) i 14.2 (DNA Structure and Sequencing)
- MedlinePlus Genetics (NLM/NIH): "What is DNA?" (unakrsna provjera)
- Wikipedia: DNA (unakrsna provjera)
- Watson J.D., Crick F.H.C., "Molecular Structure of Nucleic Acids", Nature 171 (1953)
- Cobb M., Comfort N., "What Rosalind Franklin truly contributed to the discovery of the structure of DNA", Nature (2023)
- Opšta molekularna biologija (nukleozid/nukleotid razlika, GC sadržaj i tačka topljenja DNK): standardno gradivo, nije specifično iz OpenStax pog. 14
