Prije nego što se bilo koje tkivo uopšte može posmatrati pod mikroskopom, mora proći kroz niz koraka koji ga pretvore iz svježeg, mekog uzorka u tanak, obojen preparat na stakalcu. Taj proces se sastoji od nekoliko faza koje se gotovo uvijek odvijaju istim redoslijedom.

Fiksacija. Prvi korak je fiksacija, koja hemijski konzerviše strukturu tkiva u njegovom prirodnom obliku i štiti ga od raspadanja nepovratnim umrežavanjem proteina. Najčešće korišten fiksativ je puferisan formalin, otprilike 4% formaldehid u fosfatnom puferu, koji tkivo istovremeno konzerviše i očvršćuje, čime olakšava naredni korak sečenja. Za posebne namjene, na primjer gastrointestinalnu biopsiju, koristi se drugi fiksativ (Bouinov rastvor), koji daje oštrije, jasnije bojenje jedra od standardnog formalina.

Dehidracija i bistrenje. Fiksirano tkivo se zatim provodi kroz niz kupki sa sve koncentrovanijim etanolom, sve do čistog etanola, čime se uklanja preostala voda iz uzorka. Pošto parafin, u koji se tkivo naknadno uklapa, nije mješljiv sa etanolom, posljednji korak prije uklapanja je bistrenje, uklanjanje etanola pomoću ksilena ili sličnog rastvarača koji jeste mješljiv sa parafinom.

Uklapanje i sečenje. Uzorak se zatim uklapa (kalupi) u parafinski vosak: upija se rastopljenim medijem koji nakon hlađenja stvrdne oko tkiva i omogućava da se ono kasnije secira na dovoljno tanke, ravnomjerne preseke. Stvrdnut kalup se montira na mikrotom i secira, u praksi obično na debljinu od nekoliko mikrometara za svjetlosnu mikroskopiju, a dobijeni preseci se postavljaju na stakalce.

Alternativa ovom, sporijem parafinskom postupku je zamrzavanje: uzorak se brzo smrzne i secira na kriostatu, bez prethodne fiksacije i dehidracije. Ova tehnika je znatno brža (rezultat za desetak minuta umjesto sat i više potrebnih za parafinsku obradu) i čuva masti i enzimsku aktivnost koje standardna obrada uništava, pa se koristi kad je brzina presudna, na primjer za procjenu hirurške margine tumora tokom same operacije.

Bojenje. Svježe sečen preparat je gotovo proziran i bezbojan, pa se mora obojiti da bi se strukture uopšte razlikovale pod mikroskopom. Najčešća, standardna kombinacija je hematoksilin-eozin bojenje. Hematoksilin je bazno bojilo koje boji kisele, bazofilne strukture, prvenstveno jedro sa DNK, u plavo-ljubičastu boju. Eozin je naknadno bojilo, kiselo bojilo koje boji bazne, acidofilne (eozinofilne) strukture, prvenstveno citoplazmu i vezivno tkivo, u ružičasto-crvenu boju. Pored hematoksilin-eozina postoji čitav niz specijalizovanih bojenja za konkretne strukture: PAS (perjodna kiselina-Šifova reakcija) boji ugljene hidrate i glikogen, Massonov trikrom razdvaja kolageno vezivno tkivo od mišićnog tkiva, a postoje i bojenja specifična za masti, gvožđe, amiloid ili nervno tkivo.