Limfni sistem se razvija nešto kasnije od krvožilnog sistema, tek pošto je ovaj već funkcionalan, počevši krajem pete nedjelje razvoja. Iz istog, mezodermalnog porijekla nastaju i limfni sudovi i organi koji duž njih filtriraju limfu i naseljavaju se limfocitima: timus, slezina, limfni čvorovi i nepčane tonzile.

Limfni sudovi. Limfni sudovi se razvijaju na sličan način kao i krvni sudovi, iz mezoderma, ali njihov neposredan izvor su već formirane embrionalne vene, ne slobodne mezenhimalne ćelije. Grupe endotelnih ćelija pupe (izbočavaju se) iz zida velikih vena, prvenstveno kardinalnih vena u predjelu vrata, i formiraju parne jugularne limfne kese (jugular lymph sacs), prve od šest primitivnih limfnih kesa koje se pojavljuju do kraja embrionalnog perioda, uz cisternu chyli, retroperitonealnu limfnu kesu i par ilijačnih limfnih kesa. Iz ovih primitivnih kesa limfni sudovi dalje rastu sopstvenim umnožavanjem i pupljenjem, granajući se u gustu mrežu koja prati venski sistem sve do gornjih i donjih ekstremiteta, grudnog koša, vrata i glave. Jedna od jugularnih limfnih kesa zadržava trajnu vezu sa venskim sistemom i razvija se u gornji dio grudnog limfnog voda (ductus thoracicus), koji se kasnije uliva u vensku cirkulaciju na spoju unutrašnje jugularne i potključne vene.

Timus. Timus (thymus) nastaje od treće ždrijelne kesice (third pharyngeal pouch), parne izrasline u zidu embrionalnog ždrijela. Epitel kesice se izdužuje u dva tračka koja rastu unazad, u okolni mezenhim porijeklom od mezoderma i, dijelom, od ćelija neuralne kreste. Epitel treće ždrijelne kesice ostaje osnova epitelne mreže unutar žlijezde, u kojoj kasnije sazrijevaju T-limfociti, dok okolno mezenhimalno tkivo dalje učestvuje u izgradnji vezivnotkivnih struktura žlijezde. Tokom razvoja, oba zametka timusa migriraju kaudalno, silaze niz vrat i na kraju se spajaju u gornjem dijelu grudnog koša (medijastinumu), iza grudne kosti. Zrela histološka građa timusa je opisana na stranici Timus (histologija).

Slezina. Slezina (lien/splen) je čest izvor zabune kod studenata zbog svog položaja: leži uz želudac i topografski pripada organima gornjeg sprata trbušne duplje, ali porijeklom nije dio probavne cijevi. Umjesto iz endoderma probavne cijevi, kao jetra ili pankreas, slezina nastaje iz mezenhimalnih ćelija smještenih između listova dorzalnog mezogastrijuma (dorsal mesogastrium), dvostrukog sloja vezivnog tkiva koje pridržava razvijajući želudac i povezuje ga sa zadnjim zidom trbušne duplje. Zametak slezine se pojavljuje u tom vezivnom tkivu, a ne u zidu same crijevne cijevi, i od samog početka je mezodermalnog, a ne endodermalnog porijekla. Kada se želudac tokom razvoja rotira, dorzalni mezogastrijum ga povlači sa sobom, pa slezina završava na svom konačnom mjestu u lijevom gornjem dijelu trbušne duplje, i dalje vezana za želudac i lijevi bubreg preko ligamenata koji su ostatak istog vezivnog tkiva.

Limfni čvorovi. Limfni čvorovi (nodi lymphatici) se ne formiraju iz jedne jedinstvene mezenhimalne kese, poput timusa ili slezine, nego duž već formiranih limfnih sudova, iz mezenhimalnih zgusnuća (kondenzacija) koja se u njihovoj blizini postepeno izbočavaju i organizuju u unutrašnju građu budućeg čvora. Proces počinje u prvoj trećini fetalnog perioda: već od 12. nedjelje razvoja u zametku čvora se odvijaju granulopoeza i eritropoeza, T-limfocitna zona počinje da se razvija od 13. nedjelje, a B-limfocitna zona nešto kasnije, od 14. nedjelje, sa prvim, još nezrelim folikulima vidljivim do 20. nedjelje razvoja. Zrela histološka građa limfnog čvora je opisana na stranici Limfni čvor i tonzile (histologija).

Nepčane tonzile. Nepčane tonzile (tonsillae palatinae) nastaju od druge ždrijelne kesice (second pharyngeal pouch), za razliku od timusa koji nastaje od treće. Endodermalni epitel kesice formira udubljenja, buduće kripte tonzile, koja prodiru u okolni mezenhim, a taj mezenhim se tokom fetalnog perioda naseljava limfocitima i formira limfoidno tkivo oko epitelnih kripta. Zrela građa nepčanih tonzila je, zajedno sa limfnim čvorom, opisana na stranici Limfni čvor i tonzile (histologija).